diamond 3 教程系列1.01 - 图文(5)

Wyck. 一般为4e，代表原子位置的默认设置，x/a、y/b、z/c代表原子的坐标，S.O.F.代表原子的占有率。

图3.15 Atomic Parameters选项

点击显示原子信息基本信息复制所选择行的数据列表选择所有数据列表列出的原子并包括对称操作出的所有原子热振动信息删除（或选择）所有具有该名称的原子，当鼠标点选多个原子时，删除（或选择）所有含有这些名称的原子填写插入原子的信息可以插入任何类型的原子，包括哑原子（假原子）列表信息项目设置信息的排序规则设置列表选项或排序规则

图3.16 图片3.15种蓝色框的详细操作

注意以下几点：

（1） 本列表只给出结构单元中原子的列表，通过对称操作衍生出的原子并不列出； （2） 右键点选会给出如3.15蓝色框内的选项，可以对列表或图片中的原子进行操作，

但是这时的操作对所有该原子有效（包括由对称操作衍生出的同名原子）。对于图3.15中所示蓝色框的操作及作用可见图3.16所示。在蓝色框中的Edit Atoms功能与我们以后在Picture>>Atoms Design功能并不相同，后者侧重原子的模型与表达方式。插入或附加原子的操作却与Structure >>Insert Atoms功能相同。

? Created Atoms选项

在介绍该选项前，我们先将图中所显示的单胞内充满原子，并使之键连。这里主要通过界面中的快捷按钮来实现。

第一步左键点击

图3.17填充单胞内的原子

第二步左键点击

图3.18 填充单胞后的效果

图3.19 晶胞填充并连接的结果

实际上还有一种方式可以实现填充原子后的连接，如图所示：

第一步左键点击第二步左键点击

图3.20另一种连接方式

这两种方式的最终效果是不同的，区别在于第一种方式是具有联想功能，补全所有的结构片段，这样连接完成后，所有原子不一定都限制在单胞内；而第二种方式则只针对出现了的原子进行成键分析，至于结构是残基还是整体并不关心（如图3.21所示）。这两种方式在处理聚合物结构时，非常有用。

图3.21晶胞填充并连接的结果

不管采用哪种方式，除了最初的结构单元，在图示的界面中肯定包含了由各种对称操作而生成的原子。如果要查看这些原子或其中的某个原子，需要使用Created Atoms选项。另外，有时为了突出表示某个原子，比如欲将C2原子表示成红色，在图中可能有多个，那么用此功能可能比较方便（图3.22）。又比如，欲将所有氢原子均显示成绿色，可以考虑选择所有氢原子。

图3.22

图3.23（选择原子颜色然后点击<确定>）

图3.24 C2均变成红色

当要考察已经设置好的结构时，点选Created Atoms选项，可以在图片右侧得到一个原子列表。信息有多项，常见的有原子序号（No.）、原子标号（Symbol）、Symmetry代表对称操作、xc、yc、zc代表原子的坐标，Bonds代表该原子的成键数目。左键点选一个或一些原子可以直接选取这些原子，因为每个原子均有自己的操作代码，故而当点击某个原子时，不会将通过对称操作衍生的其他同名原子选取。右键点击某个或某些原子，可以对这些原子进行编辑。（图3.25-3.26）