diamond 3 教程系列1.01 - 图文

第一章 Diamond 3 界面选项的功能介绍

在本章中我们首先介绍一下一个典型的diamond 3界面上所有选项的基本功能。

一个典型的diamond 3 的界面

打开C:\\Program Files\\Diamond 3\\Tutorial\\文件夹中的pyrene.cif文件（上图所示）。

第一节File菜单系列

1.1 File菜单简介

File菜单系列，包括Windows系统常规的几种选项（如图 2 所示。）

图1.2 File菜单系列

1.2 常用选项 1.2.1Open 选项

点击该选项，可以看到diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图3所示）。

图1.3 Diamond 3 支持的阅读格式

前三项是该公司开发的Diamond 及Endeavour软件的默认格式。其中Cif文件格式最为通用。ICSD/Crystin及CSD-FDat是两个晶体学数据库输出的文件格式。Protein Data Bank格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。常用的格式还包括笛卡儿xyz座标格式，这在构建特殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。 1.2.2 Save 选项

这里默认的保存格式是Diamond 3 Document （*.diamdoc）格式。 1.2.3 Save as选项

共包括三个次级选项：

图1.4 Diamond 3 Save as的三个次级选项

在实际应用中，前两项功能相似，我们以Save Document As为例进行介绍： Save Document As提供14种文件格式：

图1.5 Diamond 3 支持的14结构储存格式

前三项为该公司开发的结构文件格式，常用的为第一项*.diamdoc。通常在我们处理一个较为复杂的结构时，一次无法完成或者以后仍需要修改时，必须保存成该格式。该格式详细保留了您的一切设置（分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等），demo版不提供该格式的保存。其它格式则通常并不实用。需要指出的是，有时为了统计自建模型（比如在抽象拓扑结构时，统计两种或多种拓扑类型的比例）中原子的个数及比例，可以保存为cif格式。

图1.6 Diamond 3 支持的6种图片储存格式

Save Graphic As:

本功能提供了图片保存功能，共包含了6种图片格式。我们通常需要使用的是bmp格式（位图格式，文件通常较大，在word中缩放会导致分辨率降低）、jpg格式（文件较小，在win office软件中可以任意缩放而不改变分辨率）、tif格式（是很多杂志要求的图片格式，易于编辑和处理）。为实现diamond与3D Max软件的交叉使用，还需要掌握另外一种文件保存格式，即wrl格式，该格式也保留了创作者构建的所有信息，而不只是结构单元。

第二节 Edit菜单系列

2.1 Edit菜单简介

Edit菜单主要包括结构及其模式类型的选择、复制和粘贴

图2.1 Edit菜单主要选项

2.2 常用功能

2.2.1 Undo与Redo

典型的windows界面选项，不需要过多说明，只是要注意，在计算机内存较小而图片由异常复杂时，可能造成死机。 2.2.2 Copy及Paste 选项

本功能提供了两种功能

（1） 复制屏幕所显示的图片，可以粘贴在其它文档中，比如常用的office文档中。

图2.2 Copy 选项的结构复制功能

（2）复制屏幕显示的结构包括各种详细信息，粘贴到另一个打开的diamond 3 文档中，该