Discovery Studio3.0中基于药效团的药物设计方法和应用讲义-2011

Discovery Studio3.0中基于药效团的药物设计方法和应用讲义-2011年3月21日zi

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第三级第四级讲座14:00开始,听到声音的老师和同学请举手第五级赵冬梅创腾科技有限公司

DS3.0中基于药效团模型单击此处编辑母版文本样式第二级的药物设计工具

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主要内容 药效团模型概述 基于配体药效团模型

DS3.0新增模块：基于复合物构建(验证)药效团模型 算法介绍

操作演示 结果及报告分析

讨论

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药效团模型概述

并不是代表某个分子或某个具体官能团 代表一组化合物与同一受体一些重要的相互作用 可以认为是大量活性化合物的共同特征

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药效团模型概述 药效特征元素(Chemical Features)每个化学功能用不同颜色的球表示 位置和方向 (Location and orientation)以绝对坐标定义，因此可区分对映体

距离和位置许可偏差(tolerance)球的大小代表位置精确度 排除体积(Exclude volume)空间约束形式，可区分活性和非活性分子结构差别或限制配体和受体间产生不利碰撞区域

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模型的验证是关键步骤16 compounds(training set)

实例分析一

构建

验证

160677 comp.

筛选对接 36compounds

1150comp.

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实例分析一验证方法一：测试集验证(Test set) gp Ligand Pharmacophore Mappinggp Search 3D DatabaseFxr.aimrnMI~ n ri l"fC'clirfN'l '(Ci0 rl<tl.l V<thll"<; nf 10 IC'U~,-.r mokYIIIC'<;C.;,mpouucl n a.I f1 1 'l,dUt!b 1().40.l~.liO:"I

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实例分析一验证方法二：建立decoy set进行库筛能力评价 8P8PNo

Ligand Pharmacophore MappingSearch 3D DatabaseParameter Total number of molecules in database (D) Total number of actives in database (A) Total number of hit molecules fro m the database (Ht) Total number of active molecules in hit list (H

a)%Yield of actives[(Ha/Ht):x 100]%Ratio of actives[(Ha/A) x tOO) Enrichment Facto r (EF) False negatives[A - Ha] False Positives[Ht - Ha) Goodness of fit score (CF) Values 1500 38.00 33.00 30.00

St.ltistical parameter from screeni ng test set molecules.

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实例分析一验证方法三：随机验证(Fischer)RP145

3D QSAR Pharmacophore Generation

Fischer Validation

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实例分析二Elaborate ligand-based pharmacophore exploration and Q.SAR analysis guide the synthesis of novel pyridinium-based potent p-secretase inhibitory leadsBioorgan1c& MediCinal Chem1srry 18 ( 2010) 3088-3115

构建…

验证方法四：分子对接11UUJZ

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实例分析二

验证方法五： QSAR模型

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基于配体药效团模型

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基于配体药效团模型

Ligand-based

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HipHop and HypoGen

HipHop Number of compounds Actives Activity data Type of model Differences in models Number of hypotheses 2-32 all active no data required feature-based structurally perse user defined

HypoGen more than 10 actives and inactives activity values required predictive model wide range of activity maximum of 10 best

Geotridentft …… 此处隐藏：3009字，全部文档内容请下载后查看。喜欢就下载吧 ……