FlowJo 中文实用手册(2)

近似直线关系，也就是说，细胞内颗粒结构越复杂，质量越大，其

SSC越大；反之则越小）

2) Y轴选择FSC（前向散射，前向散射的含义：该值的大小与细胞的直

径近似直线关系，也就说，对于不同的细胞，细胞越大，其FSC就越

大；反之则越小）

3) 然后选择设门工具（矩形门、椭圆门、多边形门、自动门

）中任意一个，在二维点图中选中淋巴细胞。

如下图所示: 图中用圆圈所选中区域为淋巴细胞

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在图形窗口中双击选中的淋巴细胞，生成新的图形窗口。

1) 在X轴选择Cy5PE:CD4，Y轴选择Histogram，

2) 选择设门工具（区域门

图中设门。

a. 双分门设门如下图所示： 、双分门）中任意一个，在单参数直方

左边区域为CD4阴性细胞，右边区域为CD4

阳性细胞

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b. 区域门设门如下图所示：

左边区域为CD4阴性细胞，右边区域为CD阳性细胞

二、图形的输出和保存  

a. 在单参数图上点击鼠标右键选择复制图片，可以把图片粘贴到

WORD或PPT中。

b. 在图形分析窗口菜单栏中选择“文件”并单击，选择下拉菜单中的“另

存为”，选择保存位置、重新命名文件名以及保存的文件类型（SVG、

PNG、EMF、JPG）。

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c. 在FlowJo工作台单击打开布局编辑器。

d. 在样本空间中，把淋巴细胞的节点拖入到布局编辑器中。

淋巴细胞节点如下图所示：

布局编辑器显示的单参数直方图如下图所示：

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e. 在布局编辑器中点击保存按钮，在弹出的对话框中选择保存的

路径，更改保存的图片名称以及图片格式。

备注：

① 可以在图片名称后面直接输入需要保存的格式，比如命名并保存

为：data001.JPG。可以保存的图片格式有：JPG, PNG, GIF, EMF,

SVG, PDF。

② FlowJo默认的图片格式为PNG格式

f. 更改布局编辑器输出的默认图片格式的步骤：

① 到工作台的菜单栏中点击“编辑”菜单，在下拉列表中选择“偏好设

置”，在偏好设置对话框中选择“文件格式”

② 点击在布局编辑器项目下拉按钮，选择需要的图片格式：

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第三章 FlowJo分析多色标记样本

多色标记样本，包含双标记、三标记及以上的样本。多色标记样本分析的原则是把多色标记简化为单标记或双标记。多色标记样本在采集或数据处理过程中需要做荧光补偿。在FlowJo中的数据显示方式是二维点图。二维点图能够显示两个独立参数与细胞相对数之间的关系，横坐标和纵坐标分别代表与细胞有关的两个独立参数，平面上的每一个点表示具有相应坐标值的细胞。一般来说可以由一个二维点图得到两个一维直方图，但是由于多个细胞具有相同二维坐标现象的存在，所以二维点图的信息量要大于两个一维直方图的信息量。二维点图在设十字门之后被分成四个区域，实验目的不同，各个区域所代表的含义不同。本手册提供参考的是三标记样本的分析步骤。只要灵活掌握分析技巧，根据实验需求学会把多色分析简化，这样就可以做到事半功倍的效果。

一、由原始数据生成二维点图的过程

原始数据：为FlowJo演示数据，选择3-color-experiment文件夹中的931115-B02-Sample01.FCS进行分析演示。

1. 打开软件，将“3-color-experiment”文件夹拖入FlowJo工作台。

2. 在样本空间中双击“931115-B02-Sample01.FCS”样本，出现图形窗口，显示为二维点图。X轴选择FSC，Y轴选择SSC。然后选择多边形设门工具

在二维点图中选中淋巴细胞。如下图所示：

，

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3. 双击淋巴细胞门，出现图形窗口，X轴选择Fluor::CD3，Y轴选择FSC。使用矩形设门工具选中CD3阳性细胞，设门并命名为T细胞

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4. 双击T细胞门，出现图形窗口，在X轴选择Cy5PE::CD4，Y轴选择

PhyEry::CD8，使用十字门工具设门，如下图所示：

Q1：CD8单阳性细胞，为CD8+ T细胞

Q2：双阳性细胞

Q3：CD4单阳性细胞，为CD4+ T细胞

Q4：双阴性细胞

四分门更改门位置的方法：

单击四分门“十字”的交点选中这个四分门，如下图所示。拖动鼠标将四分门移到目标位置。

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二、二维点图的设门原则

二维点图常用四分门来设门，四分门设门要根据阴性对照界定阴性区。根据细胞分群的趋势，四分门的界定线可设在阴性、阳性细胞的分群处。

三、多色标记分析说明

多色样本分析在实验中具有重要的地位，很多用户对多色分析感觉无从下手。其实，流式分析中结果的显示一般都是一维和二维的。因此，在流式分析中无论是几色标记的样本，只要把多色的分析简化为单标记和双标记的分析，问题就会迎刃而解。