转录组RNAseq术语解释(3)

44. BSR(Bulked Segregant RNA sequencing)

将转录组测序与集群分离分析相结合，在转录组范围内开发SNPs，筛选与性状紧密连锁的SNPs，进行功能基因的定位，同时进行基因差异表达分析等转录组常规分析的技术。

45. eQTL

以一个分离群体中不同个体（基因型）或者是其它有遗传结构的群体作为样本，运用QTL分析方法分析特定基因转录丰度差异而得到的一些遗传区域，转录丰度用于作为个体中基因表达水平的衡量方式，并且作为一个性状来分析（e Trait）。

46. COG/KOG

COG是Clusters of Orthologous Groups of proteins的简称，KOG 为euKaryotic Ortholog Groups。这两个注释系统都是NCBI中基于基因直系同源关系的数据库，其中COG针对原核生物，KOG针对真核生物。COG/KOG结合进化关系将来自不同物种的同源基因分为不同的 Ortholog簇，目前COG有4873个分类，KOG有4852个分类。来自同一 ortholog 的基因具有相同的功能，这样就可以将功能注释直接继承给同一 COG/KOG 簇的其他成员。详见http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/。

47. Nr(NCBI non-redundant protein sequences)

是NCBI官方的蛋白序列数据库，它包括了 GenBank基因的蛋白编码序列，PDB(Protein Data Bank)蛋白数据库、SwissProt蛋白序列及来自PIR（Protein Information Resource）和PRF（Protein Research Foundation）等数据库的蛋白序列。根据 nr注释信息我们能得到 GO 功能注释。

48. KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)

是系统分析基因产物和化合物在细胞中的代谢途径以及这些基因产物的功能的数据库。它整合了基因组、化学分子和生化系统等方面的数据,包括代谢通路（KEGG PATHWAY）、药物（KEGG DRUG）、疾病（KEGG DISEASE）、功能模型（KEGG MODULE）、基因序列（KEGG GENES）及基因组（KEGG GENOME）等等。KO（KEGG ORTHOLOG）系统将各个KEGG注释系统联系在一起，KEGG已建立了一套完整KO注释的系统，可完成新测序物种的基因组或转录组的功能注释。详见http://www.genome.jp/kegg/。

49. Rfam是ncRNA注释库

包含rRNA，tRNA，snoRNA，snRNA等类型非编码RNA。详见http://rfam.xfam.org/。